L’étude de Séralini fut critiquée sur de nombreux aspects. Tout d’abord sur l’aspect toxicologique puis des attaques ad hominem, réclamation de retrait de l’étude, certaines données non publiées ont attisé la controverse, le nombre de rats utilisés pour conclure ne semblait pas suffisant, la race des rats semblait avoir mal été choisie et finalement les données quant au cancer ne sont pas suffisantes. Voyons maintenant dans le détail en quoi consiste chaque accusation et de quoi il en retourne.

-L'aspect toxicologique :

Peu de temps après la publication des données établissant un lien de toxicité entre le maïs allié à un herbicide, ces conclusions furent rejetées avec ferveur par des botanistes. Ceux-ci n’étaient pas des spécialistes de toxicité : “la première vague de critiques est arrivée, principalement de la part de biologistes des plantes sans expérience en toxicologie.” Leurs critiques, bien que certaines soient pertinentes, sont dans la globalité réfutées par un papier de Séralini et son équipe paru en mars 2013.

-Les attaques ad-hominem :

Suite à la parution de l’article d’Arjo, le travail de l’équipe de Séralini fut soumise à une pluie d’attaques diffamatoires et d’attaques personnelles : “« un échec abject à traiter les animaux cobayes de façon humaine », « l’incapacité à formuler une hypothèse valide », une « fanfare médiatique », « des déclarations frauduleuses ou volontairement inexactes », de faire « des munitions pour extrémistes », « de la science dégradée », « fourbe ou inepte », « une attitude non éthique », « une tentative transparente de discréditer les agences réglementaires », et « un gaspillage non nécessaire d’animaux » (tout en réclamant en même temps plus d’animaux par groupe).” Ces allégations sans fondement n’apportent rien de constructif à la controverse et n’étant pas soutenues par des éléments vérifiables, elles ont terni l’image de l’étude de Séralini.

-Les données non-publiées :

L’étude de Séralini s’est déroulée sur deux ans, avec 200 rats, les données collectées sont donc très volumineuses et ne pouvaient être toutes publiées. Nonobstant, on observe la critique d’Arjo qui dit : “the water consumption was not measured”. Or cette information fut mesurée, mais non publiée. Séralini l’avait d’ailleurs déjà précisé : “En réalité, nous avons mesuré tant la consommation d’eau que de nourriture, ainsi que la stabilité du Roundup tout au long de l’expérience. Cela était indiqué dans l’article, dans lequel nous expliquions également que toutes les données ne pouvaient être exposées en un seul et unique article. Ces paramètres n’étant finalement que des données de routine, nous expliquions que par conséquent nous nous étions concentrés sur les plus importantes.”

-Le nombre de rats :

L’étude de Monsanto nécessaire à une autorisation de mise sur le marché comporte 40 rats étudiés. L’étude de Séralini en comporte, elle, 200. Cette étude fut menée sur 2 années tandis que celle de Monsanto ne s’est déroulée que dans un délai de 90 jours. Malgré ses éléments : “L’éditeur en chef soutenait qu’aucune conclusion ne pouvait être tirée, car nous n’avions étudié que 10 rats par groupe sur deux années”. Comment une étude de plus grande envergure, qui dure plus longtemps et qui utilise plus de sujets peut-elle être non recevable alors que l’étude de Monsanto serait toujours valable. On pourrait arguer que l’étude de Monsanto utilise quarante rats tandis que Séralini en utilise deux cents mais uniquement 10 par groupes. Or il s’avère que Monsanto a utilisé quarante rats répartis en quatre groupes. Autrement dit, l’étude de Séralini utilise les mêmes procédés que celle de Monsanto.

-La race des rats :

La race des rats à elle aussi été critiquée : “ the results were scrutinised by several scientists, who severely criticised the study -the major flaws being the Sprague-Dawley rat strain used (this strain is regularly used in cancer research because it develops tumours at a high rate over its lifetime) and the inadequate statistical support for their conclusions.” Mais cette critique est des plus étranges, Séralini n’a fait qu'utiliser la même race de rats que l’étude de Monsanto : “La souche Sprague-Dawley a aussi été utilisée par Monsanto dans ses tests à 90 jours du même maïs OGM”. Ainsi cette critique semble là aussi inappropriée.

-Le risque de cancer :

La critique principale de l’étude de Séralini a été menée par Arjo et se prénomme : “Plurality of opinion, scientific discourse and pseudoscience: An in depth analysis of the Séralini et al. study claiming that Roundup™ Ready corn or the herbicide Roundup™ cause cancer in rats”. L’attaque se base donc principalement sur le risque de cancer : “cause cancer in rats”. 
Séralini se défend : “[...] notre étude n’a jamais été pensée pour étudier la cancérogenèse.” L'amalgame entre tumeur et cancer est vite fait mais n’est pas une vérité scientifique. Certes dans le langage courant ces deux mots sont synonymes. En recherches, ils impliquent des conséquences différentes. La tumeur peut mener, il est vrai, à un cancer, mais ça n’est pas une nécessité.
Ainsi cet argument semble difficilement recevable.